Setelah Sid (John Leguizamo) mencuri beberapa telur dinosaurus, Manny (Ray Romano), Diego (Denis Leary) dan teman-teman prasejarah mereka yang lain memasuki dunia bawah tanah yang misterius untuk menyelamatkan kungkang yang malang. Selama menjalankan misi mereka, geng ini bertemu dengan banyak makhluk besar dan kecil, termasuk karnivora yang kelaparan dan musang yang tak kenal lelah memburu dinosaurus bernama Buck.